Miejscowość Milejewo ustanowili Krzyżacy na prawie chełmińskim w XIV wieku. W tym samym czasie wybudowano miejscową świątynię, której do czasów reformacji patronował św. Bartłomiej Apostoł.

Od połowy XVI wieku aż do zakończenia II wojny światowej parafia miała charakter ewangelicki, a w świątyni odprawiano nabożeństwa luterańskie. Po zakończeniu II wojny światowej w Milejewie zamieszkali przesiedleńcy m.in. z Kresów Wschodnich Rzeczpospolitej. Kościół przejęli katolicy. Struktury parafialne odbudował bp Józef Drzazga, biskup warmiński, w 1972 roku. Kolejna ważna data w historii miejscowości to 11 maja 2018 roku. Tego dnia gmina otrzymała herb. Uroczystości rozpoczęły się Mszą św., podczas której bp Jacek Jezierski poświęcił symbole. – Gmina Milejewo określa dzisiaj na nowo swoje symbole – znaki swej tożsamości, rozpoznawcze, identyfikujące. Taki jest sens odcisku pieczęci, herbu i flagi. Będą to znaki naszej gminy, nasze znaki rozpoznawcze. Was, mieszkających tu, mających tu domy, gospodarstwa, zakłady produkcyjne – powiedział bp Jacek Jezierski. – Żyjemy w czasie wolności. Możemy posiadać własne znaki. Możemy je sobie wybierać, określać, nadawać. To jest łaska, przywilej czasu wolności. Nie obce znaki, narzucone, ale nasze – wybrane, legalnie stanowione przez naszych reprezentantów – tłumaczył biskup elbląski.