Parafię Miłosierdzia Bożego w Malborku erygował bp Andrzej Śliwiński w 1993 roku. Po 25 latach, 10 czerwca, bp Jan Styrna konsekrował wybudowaną przez parafian świątynię.

– 25 lat temu też był piękny, słoneczny dzień. Wyruszyliśmy z parafii Matki Bożej Nieustającej Pomocy z ks. bp. Andrzejem Śliwińskim, ks. prałatem Janem Żołnierkiewiczem, wieloma księżmi i mieszkańcami Wielbarka, aby przenieść krzyż na to miejsce, w którym mieliśmy wybudować kościół – przypomniał ks. Ignacy Najmowicz, pierwszy proboszcz parafii. – 25 lat temu – ile mieliście wtedy lat, gdzie byliście? Niektórych nie było, prawda? Ci, którzy byli dziećmi, stali się młodzieńcami. Ówczesna młodzież – ma już swoje dzieci, a może i wnuki. Wielu starszych odeszło – kontynuował ks. Ignacy. 25 lat temu nad ołtarzem, przy którym odprawiono Mszę św., zbudowano namiot ze spadochronu samolotu. Był on pożyczony. Na wyznaczonym na budowę kościoła terenie było pole. Ludzie uprawiali ziemniaki, buraki. W jednym miejscu było bagno, a nieco dalej też woda. Ten widok pamiętają już tylko starsi parafianie. – Był jeden dobry duch, który nie pozwolił mi się załamać. Wszystkich też pociągnął za sobą. Stukał do niejednego domu, bo trzeba przyjść, bo potrzebne są ręce do pracy. Pamiętacie pana Bukalskiego, prawda? – pytał retorycznie ks. Ignacy. Nazwał go „nadproboszczem”, bo wszystko wiedział i o niczym nie zapominał. W homilii ks. Ignacy powtórzył, że proboszcz w parafii jest tylko na chwilę. – Kościół jest dla was i dla waszych dzieci. Będę ja, a później dziesiątki następnych proboszczów, także po ks. Szabli. Przyjdą i będą tutaj z wami, z waszymi dziećmi, wnukami i następnymi potomkami – przekonywał. Zdaniem ks. Ignacego rozstania i powroty są wspaniałe, bo można powspominać dawne, wspaniałe chwile. – Budujecie dalej historię tej parafii, tego kościoła. Z ks. Wiesławem i innymi księżmi wikariuszami, którzy będą się tu zmieniać. Życzę wam, abyście wzrastali duchowo, tak jak ta świątynia – zakończył ks. Najmowicz. Niedzielna uroczystość była także czasem podziękowań. Ks. Wiesław Szabla, proboszcz parafii, wspólnie z ks. Najmowiczem podziękowali m.in. Zbigniewowi Harasimowiczowi, który przez 25 lat był kościelnym. Nie zapomniano także o pani Irenie, jego żonie, która także bardzo mocno angażowała się w życie parafii. Kolejne podziękowanie dla wielu było niespodzianką, a największą dla Bożeny Rychłowskiej. Podziękowali jej wszyscy księża pracujący w parafii za zamawiane Msze św. w dniu ich urodzin, imienin oraz rocznic święceń kapłańskich.