Parafia pw. św. Pawła Apostoła w Elblągu została erygowana 15 czerwca 1979 roku, a więc zaledwie kilka dni po zakończeniu pierwszej pielgrzymki Jana Pawła II do ojczyzny. Wcześniej świątynia funkcjonowała w ramach parafii pw. św. Wojciecha.

– Kościół pod wezwaniem św. Pawła wybudowano na przełomie XIX i XX wieku, gdy w Elblągu przybywało mieszkańców. W związku z rozwojem przemysłu w mieście powstawały nowe dzielnice. Świątynia, w której się znajdujemy, do końca II wojny światowej służyła ewangelikom, a później przejęli ją ojcowie franciszkanie na potrzeby wspólnoty katolickiej – mówił bp Jacek Jezierski w czasie Mszy św. w 40. rocznicę powstania parafii. Ojcowie franciszkanie duszpasterstwem w północnej części Elbląga zajmują się od 1945 roku.

– Wpisali się w pejzaż tych dzielnic oraz miasta i niech tak zostanie, nie trzeba tego zmieniać – zaznaczył bp Jezierski. W ciągu minionych 40 lat z parafii pw. św. Pawła Apostoła wyszło sześciu ojców franciszkanów, ksiądz diecezjalny i dwie siostry zakonne.