Wśród 13 nowych diecezji, które powstały podczas reformy administracyjnej kościoła rzymskotolickiego w Polsce zarządzonej 25 marca 1992 roku, znalazła się także diecezja elbląska. Utworzona na mocy bulli Totus Tuus Poloniae populus, wydanej papieża Jana Pawła II, została utworzona z części diecezji: gdańskiej, warmińskiej i chełmińskiej.

Pierwszy ordynariuszem elbląskim został dotychczasowy sufragan chełmiński bp Andrzej Śliwiński, biskupem pomocniczym zaś bp Józef Wysocki.

Patronami diecezji ogłoszono św. Wojciecha, bł. Dorotę z Mątów oraz św. Maksymiliana Marię Kolbego.

W chwili powstania diecezji w 1992 r. było 135 parafii, w tym 121 prowadzonych przez księży diecezjalnych i 14 zarządzanych przez kapłanów zakonnych. Od tej pory zniesiono 2 parafie, a 24 erygowano. Dziś kiedy obchodzimy 27. rocznicę powstania diecezji, liczy ona 157 parafii: 140 prowadzonych przez kapłanów diecezjalnych i 17 zarządzanych przez kapłanów zakonnych.

Diecezję uważa się za kontynuatorkę tradycji diecezji pomezańskiej, zlikwidowanej w 1525 r.