Parafia bł. Franciszki Siedliskiej została erygowana 1 maja 1990 roku przez ówczesnego arcybiskupa warmińskiego Edmunda Piszcza. Proboszczem wspólnoty od początku jej powstania jest ks. Dariusz Paszkowski, dziekan dekanatu Elbląg Południe.

Początkowo nabożeństwa odprawiano w kaplicy usytuowanej w ogrodach działkowych przy ul. Sadowej. Prace związane z budową nowego kościoła ruszyły w roku 1996, a 10 września 1997 roku odbyła się uroczystość wmurowania kamienia węgielnego oraz poświęcenia fundamentów świątyni. Podczas pasterki 24 grudnia 2003 roku, odprawiono w tym kościele pierwszą Mszę Świętą. – 2 lutego następnego roku, w święto Ofiarowania Pańskiego, ksiądz biskup elbląski Jan Styrna dokonał poświęcenia murów kościoła i przeznaczenia go do kultu religijnego – przypominał proboszcz.