8 października 1990 roku bp Edmund Piszcz, biskup warmiński, odprawił pierwszą Mszę św. w parafii bł. Franciszki Siedliskiej w Elblągu. Eucharystia była sprawowana w świetlicy (dzierżawionej) na działkach, przy ul. Sadowej.

Mszę św. poprzedziło procesjonalne przeniesienie krzyża z kościoła św. Jerzego i ustawienie go na placu budowy.

25 lat później, 8 października 2015 roku, na pamiątkę tamtego wydarzenia została odprawiana Msza św. Przewodniczył jej ks. inf. Mieczysława Józefczyk.

Jak zaznaczył ks. Dariusz Paszkowski, proboszcz parafii, była to Eucharystia dziękczynna za liczne łaski otrzymane od Boga w tej wspólnocie parafialnej.

- 11 maja 1996 roku mieliśmy niezwykły zaszczyt gościć w naszej wspólnocie parafialnej, na placu budowy, kopię figury Matki Bożej Fatimskiej, która peregrynowała po naszej ojczyźnie - przypomniał jedno z ważniejszych momentów z historii parafii ks. Dariusz Paszkowski.

Figura odwiedziła tylko kilka, wyznaczonych przez bp. Andrzeja Śliwińskiego, parafii w diecezji elbląskiej.

- Pierwsza Msza św. w naszym kościele została odprawiona 24 grudnia 2003 roku. Była to Pasterka - przypomniał ksiądz proboszcz.

- Ludzie kochający Chrystusa, Najświętszą Maryję Pannę, którzy wybudowali tę świątynię wiedzą, że to nie jest tylko własność Boga - mówił w czasie homilii ks. inf. Mieczysław Józefczyk. - To jest ich własność, którą Bóg im daje, żeby ją mieli. Cieszyli się nią - tłumaczył.

Od lat w parafii bł. Franciszki Siedliskiej trwa Nabożeństwo Fatimskie. - Jestem jedną z tych osób, które uczestniczą w Nabożeństwie Fatimskim, od maja do października - mówi pani Małgorzata. - Spotkamy się na Różańcu Fatimskim, po nim mamy procesję wokół kościoła z figurką. Śpiewamy pieśni maryjne z apelem skierowanym do Matki Bożej Fatimskiej - opowiada.

Z racji 25-lecia odprawienia pierwszej Mszy św. w parafii, bp Jacek Jezierski - na prośbę księdza proboszcza - ustanowił drugi odpust. Będzie nim dzień 13 maja, wspomnienie Matki Bożej Fatimskiej.

- Dla mnie ta decyzja to coś pięknego, cudownego - cieszy pani Małgorzata.

- To jest wspaniała parafia - przyznaje pani Anna. - Nasz proboszcz nie tylko wybudował kościół, ale i pomaga biednym.

Pani Anna przypomina sytuację, która zrobiła na niej wielkie wrażenie. - Była tu tylko kaplica w świetlicy na działkach. Taca była skromna, a ksiądz jeszcze kilkorgu dzieciom opłacał obiady w szkole. Może sobie pani wyobrazić, jakie to było piękne? - pyta pani Anna. - Gdy się o tym dowiedziałam powiedziałam: „My mamy najlepszego proboszcza, jaki tylko może być” - przyznaje.

Parafia bł. Franciszki Siedliskiej w Elblągu została erygowana 1 maja 1990 roku przez bp. Edmunda Piszcza, biskupa warmińskiego.