Parafia pw. Trójcy Świętej powstała przed laty dzięki staraniom ks. inf. Mieczysława Józefczyka z części parafii pw. św. Mikołaja.

W niedzielę 16 czerwca, w dniu odpustu parafialnego, mieszkańcy elbląskiego Zatorza świętowali 20. rocznicę wizyty Ojca Świętego Jana Pawła II w swoim mieście i 30. rocznicę powstania parafii pw. Trójcy Świętej. Tuż po Mszy św. o godz. 11 został odsłonięty pamiątkowy kamień z kopca, na którym stał ołtarz papieski.

Następnie rozpoczął się festyn rodzinny. Był to czas licznych konkursów i zabaw, przede wszystkim dla najmłodszych. Wszyscy z chęcią brali udział w zawodach sportowych, puszczali bańki. Dzieci z przyjemnością malowały sobie twarze i bawiły się na dmuchanych zjeżdżalniach. Czas przybyłym na polanę przy ulicy Malborskiej, bo tam odbywał się festyn, umilały występy uczestników I Festiwalu Pieśni Religijnej im. św. Jana Pawła II. Parafia pw. Trójcy Świętej została erygowana 26 sierpnia 1989 roku w uroczystość NMP Częstochowskiej. Kościół, w którym obecnie modlą się mieszkańcy elbląskiego Zatorza, wzniesiono w pierwszej połowie XIX wieku jako świątynię ewangelicką w Nowej Cerkwi.

W latach 1950−1975 budynek ten służył jako magazyn, później stał opuszczony. W 1989 roku obiekt został przekazany powstającej parafii pw. Trójcy Świętej. Po kilku miesiącach budynek został zdemontowany i przewieziony do Elbląga, a następnie zrekonstruowany na miejscu, na którym stoi do dziś. 11 listopada 1992 roku abp Edmund Piszcz, bp Andrzej Śliwiński i bp Józef Wysocki poświęcili kościół. Po kilkunastu latach, w 2010 roku, w jego wieży umieszczono cztery dzwony. Pierwszym proboszczem wspólnoty parafialnej był ks. Zbigniew Kulesz, obecnie jest nim ks. Ryszard Półtorak.