Parafia bł. Franciszki Siedliskiej została erygowana 1 maja 1990 roku przez ówczesnego arcybiskupa warmińskiego Edmunda Piszcza. Proboszczem wspólnoty od początku jej powstania jest ks. Dariusz Paszkowski, dziekan dekanatu Elbląg Południe.

Początkowo nabożeństwa odprawiano w kaplicy usytuowanej w ogrodach działkowych przy ul. Sadowej. Prace związane z budową nowego kościoła ruszyły w roku 1996, a 10 września 1997 roku odbyła się uroczystość wmurowania kamienia węgielnego oraz poświęcenia fundamentów świątyni. Podczas pasterki 24 grudnia 2003 roku, odprawiono w tym kościele pierwszą Mszę Świętą. – 2 lutego następnego roku, w święto Ofiarowania Pańskiego, ksiądz biskup elbląski Jan Styrna dokonał poświęcenia murów kościoła i przeznaczenia go do kultu religijnego – przypominał proboszcz.

Kolejne etapy budowy to prace wewnątrz świątyni, a także budowa domu parafialnego, która zakończyła się w 2015 roku.

Pierwszy termin poświęcenia kościoła bł. Franciszki Siedliskiej został wyznaczony na 8 października ubiegłego roku, w 30. rocznicę pierwszej Mszy Świętej sprawowanej dla wspólnoty tej parafii. – Niestety szalejąca pandemia udaremniła ten plan. Dlatego biskup elbląski Jacek Jezierski wyznaczył ostateczny termin uroczystości na 3 grudnia 2021 roku – wyjaśniał ks. Paszkowski. – Cieszę się, że mogę powitać dziś wszystkich gości. Szczególnie zaś cieszę się obecnością parafian, gdyż to wy jesteście gospodarzami tego miejsca – podsumowywał kapłan.