Kościół w Kmiecinie wybudowano w pierwszej połowie XIV w. Wtedy też powstała parafia rzymskokatolicka. W 1564 została zamieniona na ewangelicką i stan ten trwał do zakończenia II wojny światowej. W wyniku działań wojennych świątynia bardzo ucierpiała. Ostrzelanej wieży groziło zawalenie. Ołtarz, obudowa wieży, elementy organów piszczałkowych leżały w nieładzie w pobliżu świątyni. Po zakończeniu wojny decyzją władz kościół został ustanowiony siedzibą Muzeum Regionalnego Ziemi Żuławskiej, tym samym przestał pełnić funkcje sakralne. W budynku ponownie zaczęto sprawować liturgię w 1981 roku. Obecnie do kościoła prowadzi pochodząca z XIX wieku drewniana brama, która w latach siedemdziesiątych XX wieku została przeniesiona ze wsi Jasionno.